Crecimiento numérico de religiosas y conflictos con el gobierno de los Franciscanos

No se sabe con certeza cuando pudieron dar inicio estos conflictos entre algunas religiosas y el gobierno que ejercían del Monasterio los Frailes Franciscanos.

Las diferencias que surgieron entre el Señor Obispo y los Frailes Franciscanos eran de origen canónico, pues en virtud de la Ley del Patronazgo que ejercían los Monarcas españoles y portugueses sobre las cosas referentes a la dirección de los nombramientos y tutelas de la Santa Iglesia en la América recien descubierta, surgían con cierta frecuencia intromisiones descabidas del poder civil en asuntos exclusivamente espirituales o religiosos (eclesiásticos).
Fue el Presidente de la Real Audiencia, en nombre del Patronazgo del Rey, el que decidió que el Monasterio fundado fuese de la Orden de la Inmaculada Concepción y que este dependiese religiosa y espiritualmente de la Orden de San Francisco, los Franciscanos, ya instalados en Quito en un amplio Convento, no muy lejos de la Plaza Grande, en una de cuyas esquinas se encontraba el de La Concepción.
Se aprovechó, según relatan algunos historiadores, la ausencia del Señor Obispo, que se encontraba en visita a su amplísimo territorio diocesano, para evitar el agravamiento de los continuos conflictos que se suscitaban con el Presidente de la Real Audiencia, Licenciado Pedro García Valverde, para tomar cuenta de las Casas donde se instalaría el Monasterio, instalar la Cruz Fundacional (existente hasta el día de hoy en el principal Claustro del Convento - Ver foto de inicio del Blog), instalar y tocar la Campana y celebrar la Santa Misa.
Es el motivo por el que se dan dos fechas de Fundación. El año 1575, la primera, que suscitó la reclamación del Cabildo Eclesiástico en ausencia del Señor Obispo. Y la de 1577 en que el Virrey de Lima solicitó al Obispo que permitiera se estableciese el Monasterio hasta que en la lejana España se decidiese cual de las partes tenía razón.

Las diferencias, llegando a momentos de grave tensión interna en el Monasterio, entre algunas religiosas de origen criollo y las propias Madres Fundadoras que deseaban que los frailes Franciscanos continuasen dirigiendo el Monasterio en el espíritu de San Francisco de Assis, estas diferencias surgieron posteriormente. Pensamos que era consecuencia del ambiente, digamoslo así, socio-político que se respiraba en Quito, donde hubo varios motines e intentos de separase del gobierno de España motivados por rivalidades entre los Conquistadores y, también, por el creciente aumento de imposiciones económicas que se hacían necesarias para sustentar las guerras que en Europa se suscitaban por causa de la rebelión de los principes protestantes contra los gobiernos católicos.